【フルリモート／週5／Java】バイオインフォマティクス・ゲノム配列解析エンジンの高速アルゴリズム＆分散バッチ構築案件

お任せしたいこと
［役割］
Java（Java 21 / Spring Batch）を用いた、製薬会社・研究機関向け次世代シーケンシング（NGS）ゲノムデータ解析・DNA変異検出プラットフォームのバックエンドおよび計算パイプライン開発
［役割に対して求める成果］
Java 21 の Virtual Threads（Project Loom）および SIMD 処理（Vector API）の活用による、大規模DNA配列アライメント計算の並列処理効率化（CPU使用率最適化・処理時間 60% 削減）およびテラバイト級ゲノムVCFファイルの高速インデックス構築

具体的な業務内容
Java 21 / Spring Boot 3 / Spring Batch を用いた、超大規模ゲノムデータ（FASTQ/BAM/VCF）の分散非同期バッチ処理エンジンの開発
HTSJDK (High-Throughput Sequencing Java Develpment Kit) を活用した、DNA/RNA変異コールおよびゲノムアノテーション付与ロジックの実装
Virtual Threads および Memory Segment API を活用した、メモリフットプリントを最小限に抑えるストリーミング配列比較アルゴリズム（Suffix Array / Burrows-Wheeler Transform）の高速化
Apache Arrow / Parquet フォーマットを用いた解析結果データの列指向ストレージ構造化と、Amazon S3 / Athena との統合設計
JUnit 5 / Testcontainers / Mockito を用いた変異検出アルゴリズムの自動検証・回帰テストパイプライン構築

必須スキル・経験
Java（Java 17以上）を用いたバックエンドおよび大規模データバッチ処理システムの開発・運用経験（5年以上）
並行プログラミング（Virtual Threads, ExecutorService等）およびメモリ効率・アルゴリズム最適化の実務経験（2年以上）
RDBMS または 列指向DB / ファイルフォーマット（Parquet, ORC, Arrow等）を扱うデータパイプライン構築経験
大容量ファイル（GB〜TB単位）のストリーミング処理およびパフォーマンスチューニング経験

歓迎スキル・経験
バイオインフォマティクス、医療ゲノム、製薬、化学計算領域でのシステム開発経験
HTSJDK, BioJava 等のバイオ領域向け Java ライブラリの利用知見
C/C++ 等の Native コード（JNI / Foreign Function & Memory API）と Java の相互運用開発実績
AWS Batch, Nextflow, Cromwell 等を用いたパイプラインワークフローの構築・運用経験

開発環境
言語/フレームワーク: Java 21, Spring Boot 3, Spring Batch, HTSJDK
データ/フォーマット: Apache Arrow, Parquet, PostgreSQL, Amazon S3
開発/テストツール: IntelliJ IDEA, JUnit 5, Testcontainers, Gradle, Docker
クラウド/CI: AWS (AWS Batch, ECS, Athena), GitHub Actions
コミュニケーション: Slack, Notion, Jira, GitHub

働き方
リモート環境
[フルリモート] フルリモートで働いていただけます。